占地面积比较大：在如何认定营业面积？办公室、员工宿舍是否属于经营面积？该部分面积是否应该获得停产停业损失等方面？容易和拆迁人产生较大的分歧。
有大量机器设备：一些大型工厂企业，尤其是化工类企业，正常的生产经营需要大量的机器设备，这些机器设备一旦遇到拆迁不仅存在搬迁问题，也存在搬迁后机器设备的折旧、毁损，甚至是因为无法再找到合适的经营场所而面临报废的问题。
土地手续、经营证照存在瑕疵：很多工厂企业是八九十年代建造的，那时候取得土地、办理经营手续没有那么严格的要求，很多企业也因为历史原因无法取得全部的批准许可文件，如果没有拆迁，企业一直可以正常经营，但是一旦遇到拆迁，原来一些不起眼的小问题都会成为大问题，直接关乎补偿高低的大问题。
人员需要安置：大型的企业遇到拆迁，除了货币补偿和安置，还涉及到人员安置及保险的购买延续的问题。人员的安置关系到社会稳定是谈判的很好的切入点。